O Príncipe retorna para sua cidade natal, a Babilônia com sua amada Kaileena, a enigmática Imperatriz do Tempo. Mas ao invés de encontrar a paz que buscava a tanto tempo, ele encontra seu reino em destruição por uma guerra. Assim que desembarcam, a Kailleena é capturada pelo inimigo, o Príncipe segue os raptores até o Palácio - somente a tempo de vê-la ser assassinada por um poderoso inimigo. A morte dela libera as Areias do Tempo, que atingem o Príncipe. De volta as ruas de sua cidade, caçado como fugitivo, o Príncipe logo descobre que as Areias do Tempo o amaldiçoaram e deram o nascimento de um mortal Príncipe Negro, cujo espírito gradativamente começa a possuir e tomar conta do Príncipe.
Nesta nova aventura, o príncipe ganha novas armas que permite expandir ainda mais o sistema de combate do jogo, que inclui um chicote para puxar oponentes, além de um novo golpe silencioso que permite sem a necessidade de andar na ponta dos pés a morte instantânea de inimigos desatentos.
